主角查理是一只普通的家庭宠物犬，和内向的小主人丹尼过着平淡的生活，最大的爱好就是吃热狗。一次意外，查理被外星王子绑架，在飞船的辐射改造下，意外获得了飞天、力大无穷等超能力，摇身一变成了「神奇狗查理」。但和他一起被改造…

　　影片通过跨越数千年、不同时空的三条故事线，交织出无形之中彼此呼应的科幻寓言。