舞-乙HiME Zwei的舞台是舞-乙HiME动画完结后的一年之后。爱莉卡虽然已经成为了Meister，但显然还不“合格”，须要继续接受玛利亚女士的指导。而另一方面，透过不断的学习，真白也更像一个女王了。某天，新建成的天文台侦测到将有陨石从天…

　　故事发生在信息技术科技已经极为发达的未来，彼时，人类对于电脑和人工智能的依赖已经达到了顶峰，可是这么说，人工智能虽然服务于人类，但同时也掌控着人类生活的方方面面。巨型主机古罗沙是电脑网络的主管，在自我进化之中因为嫉妒…