舞-乙HiME Zwei的舞台是舞-乙HiME动画完结后的一年之后。爱莉卡虽然已经成为了Meister，但显然还不“合格”，须要继续接受玛利亚女士的指导。而另一方面，透过不断的学习，真白也更像一个女王了。某天，新建成的天文台侦测到将有陨石从天…

<p>　　201X年、経済的・軍事的に超大国となった東アジア共和国でクーデターが発生。軍部出身のタターガタ・キラーを皇帝とする 「帝国ゴドム」が誕生した。この国は、ある貿易会社の謎の女社長、張麗華（チャン・レイカ）が提供す…