东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子，脑外科值班医生南方仁（大泽隆夫 饰）为其顺利完成手术，手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷，再次醒来后发现自己已身处一片树林之中，有盘头武士在厮杀。…

　　故事将从沉睡在福萨马格纳的古代化石集合在一起，变成巨大的怪兽并前往东京的背景下展开。人类将其视为自然灾害，只有妖怪们注意到了真相，开始担心未来。这样下去世界就会灭亡。能够封锁这一现象的是继承了传说中妖怪猎人血统的琦玉…

　　故事发生在2030年的日本，AI在国民生活中成为不可缺少的存在，而AI的暴走也使日本卷入了大灾难之中...